Ligand- & Structure-Based Scaffold Replacement

Scaffold Replacement in MOE

Simon Grimshaw
September 2010
Chemical Computing Group Inc.

Introduction

The progression of an initial hit to a lead candidate is accompanied by a variety of molecular alterations. For example, a portion of the molecule could be replaced, or a group might be added to achieve a particular polar or steric interaction. In fragment-based drug discovery, fragments need to be extended or linked with a scaffold. Computational methods to accelerate these processes are highly desirable.

The application presented in this article builds on MOE’s Linker pharmacophore features, providing a simple-to-use interface that automatically creates complex scaffold replacement queries. Resulting molecules can be refined and scored against any available receptor atoms, and also filtered using molecular properties, pharmacophore, QSAR or fingerprint similarity models. Additionally the synthetic plausibility of the proposed molecules is predicted and can be included as a filter. Examples are shown of the use of the application to optimise an initial hit to the p38 kinase and to replace the scaffold of a known p38 ligand.

Continue reading

Hal Di Balik Sebuah Kesuksesan

Nadjeeb's Blog

Sebuah sukses oleh orang lain dianggap semata-mata sebagai hal yang keseluruhannya sangat menyenangkan. Tapi pernahkah kita lebih jauh memikirkan bahwa sebuah kesuksesan diperoleh dengan  proses yang panjang dan melelahkan. Di balik sebuah kesuksesan ada sebuah kerja keras, ada sebuah kelelahan yang timbul akibat kekurangan jam istirahat, ada rasa lapar akibat rela melakukan aktivitas berjam-jam tampa harus dibarengi dengan asupan makanan yang cukup dan ada perasaan ‘makan hati’ karena melakukan sesuatu yang semestinya tidak dilakukan.

View original post 177 more words

Peran Komputer dalam Penemuan Obat

Membawa senyawa kimia dari aras ide menjadi obat yang beredar di pasar merupakan proses yang membutuhkan sekitar rata-rata 800 juta US dollar menurut catatan yang disampaikan DiMasi dkk. (2003). Biaya yang sangat besar tentunya, apalagi dikaitkan dengan kemampuan ekonomi negara-negara berkembang, seperti Indonesia. Strategi dan upaya yang efektif dan ekonomis diperlukan untuk membawa Indonesia juga turut diperhitungkan dalam penemuan obat. Continue reading

What is Resin ???

.ImageResin is a natural or synthetic compound that begins in a highly viscous state and hardens with treatment. Typically, it is soluble in alcohol, but not in water. The compound is classified in a number of different ways, depending on its exact chemical composition and potential uses. It also has many applications, ranging from art to polymer production, and many consumers interact with products that contain it on a daily basis.

Continue reading

Hati-hati Produk Suplemen Bisa Mengancam Ginjal

Ginjal salah satu organ paling penting dalam tubuh.

Berbagai produk suplemen yang beredar di masyarakat disinyalir mengandung satu atau lebih bahan yang dapat menimbulkan risiko penyakit ginjal kronik pada manusia, demikian dikatakan ahli penyakit ginjal dari Universitas Gadjah Mada (UGM) Bambang Djarwoto SpPD.

“Satu produk suplemen mengandung vitamin, mineral, bahan-bahan yang berasal dari tumbuhan, asam amino, dan bahan yang digunakan untuk meningkatkan kecukupan gizi seperti konsentrat, metabolit, konstituen, ekstrak, dan beberapa bahan kombinasi,” katanya, Senin (16/11).

Menurut dia, produk food supplement yang rasional, mengandung multivitamin, kafein, taurin, mineral, dan glukosa. Taurin hingga kini masih diragukan keamanannya, apalagi jika dikonsumsi setiap hari. Continue reading